普洱学院原设纪检监察审计处，负责学校的纪检、监察、审计工作。2021年4月，根据《中共普洱学院委员会关于印发机构设置方案的通知》，设立审计处，审计工作与纪检工作分设机构。

审计处设置处长职位1名，副处长职位1名；设置综合科、审计科两个科室；设置科级干部职位2名。现有教职工5名，其中，处长1名，其他工作人员4名。部门人员中，教授1人，工程师1人，审计师1人，助理会计师1人，研究实习员1人。